Audit mutu internal (AMI) dijalani oleh dua program studi, yaitu S1 Kedokteran Hewan dan Pendidikan Profesi Kedokteran Hewan. Audit ini merupakan salah satu upaya suatu program studi menjaga mutu penyelenggaraan tridarma perguruan tinggi, yaitu pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.
Audit dilakukan oleh Lembaga Penjaminan Mutu dan Pengembangan Pendidikan (LPMPP) Universitas Hasanuddin. Dr. dr. Tenri Esa, M.Si, SpPK(K) dan Dr. Ir. Hadiratul Kusdiah, MP bertindak sebagai auditor bagi Prodi S1 Kedokteran Hewan yang diketuai oleh Dr. drh. Dwi Kesuma Sari, APVet, sedangkan Prodi PPDH yang diketuai oleh Dr. drh. Fika Yuliza Purba, M.Sc. diaudit oleh Dr. dr. Tenri Esa., M.Si.,Sp.PK(K) dan Dr. Yayu Anugrah La Nafie, ST., M.Sc.
Audit mutu internal ini juga merupakan salah satu unsur yang harus dipenuhi sebelum PSKH dan PPDH menjalani akreditasi rutin oleh Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan Indonesia (LAMPTKes).